hpcwiki - User contributions [en]

Installing and Testing TFTP Server in Ubuntu

2015-06-16T20:37:25Z

Hpcwiki: /* Installing and Testing TFTPD Server in Ubuntu */

== Installing and Testing TFTPD Server in Ubuntu ==
* Install following packages.
sudo apt-get install xinetd tftpd tftp
* Create /etc/xinetd.d/tftp and put this entry
service tftp
{
protocol = udp
port = 69
socket_type = dgram
wait = yes
user = nobody
server = /usr/sbin/in.tftpd
server_args = /tftpboot
disable = no
}
* Create a folder /tftpboot this should match whatever you gave in server_args. mostly it will be tftpboot
sudo mkdir /tftpboot
sudo chmod -R 777 /tftpboot
sudo chown -R nobody /tftpboot
* Restart the xinetd service
sudo /etc/init.d/xinetd stop
sudo /etc/init.d/xinetd start

'''Now our tftp server is up and running.'''

'''Testing our tftp server'''

* Create a file named test.txt with some content in /tftpboot path of the tftp server

* Obtain the ip address of the tftp server using ifconfig command

* Now in some other system follow the following steps.

tftp "ipServerTftp
tftp> get test
Sent 159 bytes in 0.0 seconds
tftp> quit

Installing and Testing TFTP Server in Ubuntu

2015-06-16T20:33:46Z

Hpcwiki: /* Installing and Testing TFTPD Server in Ubuntu */

Installing and Testing TFTP Server in Ubuntu

2015-06-16T20:32:41Z

Hpcwiki: Created page with "== Installing and Testing TFTPD Server in Ubuntu == * Install following packages. sudo apt-get install xinetd tftpd tftp"

== Installing and Testing TFTPD Server in Ubuntu ==
* Install following packages.
sudo apt-get install xinetd tftpd tftp

Cluster Ucentral Hpclab

2015-06-16T20:26:35Z

Hpcwiki:

'''Manuelas de configuración cluster Hplab'''

[[Installing and Testing TFTP Server in Ubuntu]]

Cluster Ucentral Hpclab

2015-06-16T20:25:02Z

Hpcwiki:

'''Manuelas de configuración cluster Hplab'''

Installing and Testing TFTP Server in Ubuntu

Cluster Ucentral Hpclab

2015-06-12T16:30:08Z

Hpcwiki: Created page with "'''Manuelas de configuración cluster Hplab'''"

'''Manuelas de configuración cluster Hplab'''

Tutorials

2015-06-12T16:28:26Z

Hpcwiki: /* Configuración */

==Tutorials==
* [[Development of Graphical and Interactive Applications]]
* [[Wavelet-based Multiresolution Analysis]]
* [[GIT short instructions]]
* [[Ansys Linux Setup]]
* [[Abaqus Linux Setup]]
* [[Project creation]]
* [[VBM based segmentation of brain tissues]]
* [[SPM Analysis of fMRI data]]
* [[GUI OpenGL Implementation, documents]]
* [[Install Moodle]]
* [[WRF Framework Installation]]
* [[WRF Framework Run]]
* [[FSL | FSL tutorial]]
* [[Freesrufer | Freesurfer tutorial ]]
* [[Install OpenKinect]]
* [[Install SMTP Mediawiki]]
* [[File:Manual_enrol_users.pdf]]

== External Documentation ==
* Wiki markup formatting: [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:Formatting]

===Related Documentation===
* Academic Information System Docs
* Resources & Lab. Inventory
* [[HPCLab System Tools Configuration]]
* [http://git-scm.com/book/en/Getting-Started GIT Official documentation]

== Configuración ==

* [[Cluster Ucentral Hpclab]]
* [[Nodo principal]]

Tutorials

2015-03-27T15:07:04Z

Hpcwiki:

Tutorials

2015-03-27T15:06:38Z

Hpcwiki: /* Configuración */

Tutorials

2015-03-27T15:06:11Z

Hpcwiki:

GIT short instructions

2015-02-17T20:42:29Z

Hpcwiki: /* Working with git */

== Repository creation ==
# Create a directory for the information to be under version control
#: <code>mkdir myProject</code>
# Open the directory
#: <code>cd myProject</code>
# Initiate an empty repository
#: <code>git init</code>
# Add current files to the repository
#: <code>git add .</code>
# Commit the changes to the repository
#: <code>git commit -m "message with a brief description of the changes"</code>

== Remote repository creation ==
# Login in the external server via ssh
#: <code>ssh username@server-host</code>
# Go to repository directory
#: <code>cd /var/repo </code>
# Create a directory for the information to be under version control
#: <code>mkdir myProject.git</code>
# Open the directory
#: <code>cd myProject.git</code>
# Initiate an empty shared bare repository
#: <code>git --bare init --share=group</code>

== Mirroring to a remote server ==
# Add the external repository
#: <code>git remote add origin ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git</code>
# Push the local files to the repository
#: <code>git push origin master</code>

=== mirroring to the web server ===
# Create a mirror of a bare repository
#: <code> git clone --mirror ssh://username@server-host/var/repo/MyProject.git</code>
# Update the local content
#: <code>git fetch -q --all</code>

== Clone a git project ==
# Go to the directory where the project will reside, in this example workspace
#: <code>cd workspace</code>
# Clone the external project
#: <code>git clone ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git myProject</code>

== Working with git ==
# Change the directory to the project directory, in this case inside workspace directory
#: <code>cd workspace/myProject</code>
# Obtaining the last committed changes
#: <code>git pull ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git</code>
# Submitting the local changes to the co-workers
## Adding files and modification
##: <code>git add .</code>
## Committing to the local version
##: <code>git commit -m "Message that describe the changes in the project"</code>
## Pushing the changes in the external repository
##: <code>git push </code>

== Branching Git Repository ==
The next instructions were taken from the GIT-SCM [http://git-scm.com/book/en/Git-Branching-Branching-Workflows Branching]
# Create a new branch
#: <code>$ git branch MyBranch</code>
#: where MyBranch is the branch to create
# Switch to an existing branch, you run the git checkout command. Let’s switch to the new MyBrnach branch:
#: <code>$ git checkout MyBranch</code>
# A short instruction to create a branch and change to it as a working copy is:
#: <code>$ git checkout -b MyBranch</code>
# To switch between branches: (in this case to the master or trunk)
#: <code>$ git checkout master</code>
# To merge a branche with the master:
#: <code>$ git checkout master</code>
#: <code>$ git merge MyBranche</code>
# Now you are ready to delete the merged branche:
#: <code>$ git branch -d MyBranche</code>
# To push a branche in the repository
#: <code>$ git push -u origin MyBranche</code>
# To checkout a branch from the repository
#: <code>$ git checkout -b MyBranche origin/MyBranche</code>

GIT short instructions

2015-02-17T20:41:54Z

Hpcwiki: /* Working with git */

== Repository creation ==
# Create a directory for the information to be under version control
#: <code>mkdir myProject</code>
# Open the directory
#: <code>cd myProject</code>
# Initiate an empty repository
#: <code>git init</code>
# Add current files to the repository
#: <code>git add .</code>
# Commit the changes to the repository
#: <code>git commit -m "message with a brief description of the changes"</code>

== Remote repository creation ==
# Login in the external server via ssh
#: <code>ssh username@server-host</code>
# Go to repository directory
#: <code>cd /var/repo </code>
# Create a directory for the information to be under version control
#: <code>mkdir myProject.git</code>
# Open the directory
#: <code>cd myProject.git</code>
# Initiate an empty shared bare repository
#: <code>git --bare init --share=group</code>

== Mirroring to a remote server ==
# Add the external repository
#: <code>git remote add origin ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git</code>
# Push the local files to the repository
#: <code>git push origin master</code>

=== mirroring to the web server ===
# Create a mirror of a bare repository
#: <code> git clone --mirror ssh://username@server-host/var/repo/MyProject.git</code>
# Update the local content
#: <code>git fetch -q --all</code>

== Clone a git project ==
# Go to the directory where the project will reside, in this example workspace
#: <code>cd workspace</code>
# Clone the external project
#: <code>git clone ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git myProject</code>

== Working with git ==
# Change the directory to the project directory, in this case inside workspace directory
#: <code>cd workspace/myProject</code>
# Obtaining the last committed changes
#: <code>git pull</code>
# Submitting the local changes to the co-workers
## Adding files and modification
##: <code>git add .</code>
## Committing to the local version
##: <code>git commit -m "Message that describe the changes in the project"</code>
## Pushing the changes in the external repository
##: <code>git push ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git</code>

== Branching Git Repository ==
The next instructions were taken from the GIT-SCM [http://git-scm.com/book/en/Git-Branching-Branching-Workflows Branching]
# Create a new branch
#: <code>$ git branch MyBranch</code>
#: where MyBranch is the branch to create
# Switch to an existing branch, you run the git checkout command. Let’s switch to the new MyBrnach branch:
#: <code>$ git checkout MyBranch</code>
# A short instruction to create a branch and change to it as a working copy is:
#: <code>$ git checkout -b MyBranch</code>
# To switch between branches: (in this case to the master or trunk)
#: <code>$ git checkout master</code>
# To merge a branche with the master:
#: <code>$ git checkout master</code>
#: <code>$ git merge MyBranche</code>
# Now you are ready to delete the merged branche:
#: <code>$ git branch -d MyBranche</code>
# To push a branche in the repository
#: <code>$ git push -u origin MyBranche</code>
# To checkout a branch from the repository
#: <code>$ git checkout -b MyBranche origin/MyBranche</code>

GIT short instructions

2015-02-17T20:41:31Z

Hpcwiki: /* Working with git */

== Repository creation ==
# Create a directory for the information to be under version control
#: <code>mkdir myProject</code>
# Open the directory
#: <code>cd myProject</code>
# Initiate an empty repository
#: <code>git init</code>
# Add current files to the repository
#: <code>git add .</code>
# Commit the changes to the repository
#: <code>git commit -m "message with a brief description of the changes"</code>

== Remote repository creation ==
# Login in the external server via ssh
#: <code>ssh username@server-host</code>
# Go to repository directory
#: <code>cd /var/repo </code>
# Create a directory for the information to be under version control
#: <code>mkdir myProject.git</code>
# Open the directory
#: <code>cd myProject.git</code>
# Initiate an empty shared bare repository
#: <code>git --bare init --share=group</code>

== Mirroring to a remote server ==
# Add the external repository
#: <code>git remote add origin ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git</code>
# Push the local files to the repository
#: <code>git push origin master</code>

=== mirroring to the web server ===
# Create a mirror of a bare repository
#: <code> git clone --mirror ssh://username@server-host/var/repo/MyProject.git</code>
# Update the local content
#: <code>git fetch -q --all</code>

== Clone a git project ==
# Go to the directory where the project will reside, in this example workspace
#: <code>cd workspace</code>
# Clone the external project
#: <code>git clone ssh://username@server-host/var/repo/myProject.git myProject</code>

== Working with git ==
# Change the directory to the project directory, in this case inside workspace directory
#: <code>cd workspace/myProject</code>
# Obtaining the last committed changes
#: <code>git pull</code>
# Submitting the local changes to the co-workers
## Adding files and modification
##: <code>git add .</code>
## Committing to the local version
##: <code>git commit -m "Message that describe the changes in the project"</code>
## Pushing the changes in the external repository
##: <code>git push</code>

== Branching Git Repository ==
The next instructions were taken from the GIT-SCM [http://git-scm.com/book/en/Git-Branching-Branching-Workflows Branching]
# Create a new branch
#: <code>$ git branch MyBranch</code>
#: where MyBranch is the branch to create
# Switch to an existing branch, you run the git checkout command. Let’s switch to the new MyBrnach branch:
#: <code>$ git checkout MyBranch</code>
# A short instruction to create a branch and change to it as a working copy is:
#: <code>$ git checkout -b MyBranch</code>
# To switch between branches: (in this case to the master or trunk)
#: <code>$ git checkout master</code>
# To merge a branche with the master:
#: <code>$ git checkout master</code>
#: <code>$ git merge MyBranche</code>
# Now you are ready to delete the merged branche:
#: <code>$ git branch -d MyBranche</code>
# To push a branche in the repository
#: <code>$ git push -u origin MyBranche</code>
# To checkout a branch from the repository
#: <code>$ git checkout -b MyBranche origin/MyBranche</code>

MMS: Seminario II

2015-02-03T23:00:06Z

Hpcwiki:

<ul>
<li>[[file:SeminarioIIPrograma.pdf]]</li>
<li>[[file:Thesisconducting.pdf]]</li>

MMS: Seminario II

2015-02-03T22:58:36Z

Hpcwiki:

[[file:SeminarioIIPrograma.pdf]]
[[file:Thesisconducting.pdf]]

File:Thesisconducting.pdf

2015-02-03T22:58:03Z

Hpcwiki:

MMS:Courses

2015-02-03T22:55:51Z

Hpcwiki: /* III SEMESTER */

Back [http://hpclab.ucentral.edu.co/wiki/index.php/Main_Page]
== I SEMESTER ==
* [[MMS: M&S Principles 2014 - I]]
* [[MMS: Mathematical Foundations of M&S]]
* [[MMS: Programming and Numerical Analysis]]

== II SEMESTER==
* [[MMS: M&S Principles]]
* [[MMS: Dynamical Systems]]
* [[MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis]]

== III SEMESTER==
* [[MMS: Seminario II]]
* [[MMS: M&S Principles 2015 - I]]

ELECTIVES
* [[MMS: Computer programming for M&S]]
* [[MMS: Computer programming for M&S 2015 - I]]
* [[MMS: M&S for Natural Systems]]
* [[MMS: Computer Vision]]

MMS: Seminario II

2015-01-29T21:48:57Z

Hpcwiki: Created page with "file:SeminarioIIPrograma.pdf"

file:SeminarioIIPrograma.pdf

File:SeminarioIIPrograma.pdf

2015-01-29T21:46:45Z

Hpcwiki:

MMS:Courses

2015-01-29T21:45:27Z

Hpcwiki:

Back [http://hpclab.ucentral.edu.co/wiki/index.php/Main_Page]
== I SEMESTER ==
* [[MMS: M&S Principles]]
* [[MMS: M&S Principles 2014 - II]]
* [[MMS: Mathematical Foundations of M&S]]
* [[MMS: Programming and Numerical Analysis]]
* [[MMS: Programming and Numerical Analysis 2014-II]]

== II SEMESTER==

* [[MMS: Dynamical Systems]]
* [[MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis]]

== III SEMESTER==

* [[MMS: Seminario II]]

ELECTIVES

* [[MMS: Computer programming for M&S]]
* [[MMS: M&S for Natural Systems]]

File:Ml3.pdf

2014-11-25T14:10:43Z

Hpcwiki:

File:Ml2.pdf

2014-11-25T14:10:24Z

Hpcwiki:

MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis

2014-11-25T14:10:06Z

Hpcwiki: /* Module 4: Montecarlo y aprendizaje de máquina */

== Contents ==
=== Module 1: Descriptive Statistics ===
* [[File:MM&S_Estadística_Descriptiva_I.pdf]]
* [[File:MM&S_Estadística_Descriptiva_II.pdf]]

=== Module 2: Probabilistic Distributions and Hypothesis Testing ===
* [[File:Articulo_distribuciones.pdf]]
* [[File:HypothesisTestingChiSquareTest.ppt]]
* [[File:List of probability distributions.ppt]]
* [[File:Ejercicios propuestos 1 Distribuciones de probabilidad.pdf]]
* [[File:Anexo Ejercicios propuestos Distribuciones de probabilidad.pdf]]
* [[File:Taller.pdf]]
* [[File:AnexoTaller.xls]]
* [[File:MMSLineas_de_Espera.ppt]]

=== Module 3: Linear Models ===
==== Lecture 1 ====
https://dl.dropboxusercontent.com/u/7568987/Modelos%20Lineales%20I/index.html
*[[File:Modelos_Lineales_I.pdf]]
*[[File:Taller_Modelos_Lineales_I.pdf]]
* [[File:Ahorros.xlsx]]
* [[File:Apuesta.xlsx]]
* [[File:Olor.xlsx]]
* [[File:Prostata.xlsx]]
* [[File:Tortugas.xlsx]]

==== Lecture 2 ====
https://dl.dropboxusercontent.com/u/7568987/Modelos%20Lineales%20II/index.html

*[[File:Modelos_Lineales_II.pdf]]
* [[File:sillacarro.txt]]
* [[File:SolucionTaller.pdf]]

==== Datos ====
* [[File:algas.xlsx]]
* [[File:arsenico.xlsx]]
* [[File:carburacion.xlsx]]

=== Module 4: Montecarlo y aprendizaje de máquina ===

*[[File:Introduction-montecarlo-methods.pdf]]
*[[File:Inverse.txt]]
*[[File:Lcg.txt]]
*[[File:PlotDiscrete.txt]]
*[[File:RejectedSampling.txt]]
*[[File:TestMontecarlo.txt]]
*[[File:TestMontecarlo2.txt]]
*[[File:montecarlo-methods-applications.pdf]]
*[[File:gibsSampling.txt]]
*[[File:testMontecarlo.txt]]
*[[File:Ml1.pdf]]
*[[File:Ml2.pdf]]
*[[File:Ml3.pdf]]

MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis

2014-11-25T14:09:42Z

Hpcwiki: /* Module 4: Montecarlo y aprendizaje de máquina */

File:Ml1.pdf

2014-11-25T14:08:53Z

Hpcwiki:

MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis

2014-11-14T00:08:50Z

Hpcwiki: /* Module 4: Montecarlo y aprendizaje de máquina */

File:TestMontecarlo2.txt

2014-10-30T22:49:04Z

Hpcwiki:

MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis

2014-10-30T22:48:51Z

Hpcwiki: /* Module 4: Montecarlo y aprendizaje de máquina */

File:TestMontecarlo.txt

2014-10-30T22:48:14Z

Hpcwiki:

File:RejectedSampling.txt

2014-10-30T22:47:34Z

Hpcwiki:

File:PlotDiscrete.txt

2014-10-30T22:46:49Z

Hpcwiki:

File:Lcg.txt

2014-10-30T22:45:37Z

Hpcwiki:

MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis

2014-10-30T22:44:53Z

Hpcwiki: /* Module 4: Montecarlo y aprendizaje de máquina */

File:Inverse.txt

2014-10-30T22:44:17Z

Hpcwiki:

MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis

2014-10-30T22:42:50Z

Hpcwiki: /* Contents */

File:Introduction-montecarlo-methods.pdf

2014-10-30T22:42:22Z

Hpcwiki:

MMS: Probabilistic Models and Statistical Analysis

2014-10-30T22:40:55Z

Hpcwiki: /* Contents */

WRF Framework Run

2014-10-14T21:33:47Z

Hpcwiki: Created page with "cd WRF/dominios/Colombia/ 248 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WPS/*.exe . 249 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WRFV3/run/* . 250 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WPS/metgrid/METGRID.TBL...."

cd WRF/dominios/Colombia/
248 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WPS/*.exe .
249 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WRFV3/run/* .
250 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WPS/metgrid/METGRID.TBL.ARW METGRID.TBL
251 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WPS/geogrid/GEOGRID.TBL.ARW GEOGRID.TBL
252 ln -s Vtable.CFSR Vtable
253 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.sh intel64
254 ifort -v
255 icc- v
256 icc -v
257 which ncdump
258 find /usr/ -name *jasper*
259 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.sh intel64
260 export NETCDF=/usr/local
261 export WRF_EM_CORE=1
262 export WRF_DA_CORE=0
263 export OMP_NUM_THREADS=2
264 ulimit -s unlimited
265 export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1
266 export JASPERLIB=/usr/local/lib
267 export JASPERINC=/usr/include/jasper
268 export CC=icc
269 export FC=ifort
270 export CXX=icpc
271 PATH=/home/hpclab-su/Software/mpich2-1.0.5p4/bin:$PATH ; export PATH
272 export LD_LIBRARY_PATH=/home/hpclab-su/Software/mpich2-1.0.5p4/lib:$LD_LIBRARY_PATH
273 mpdallexit
274 mpdboot -n 1 -f /etc/mpd.hosts
275 chmod 600 /home/hpclab-su/.mpd.conf
276 sudo chmod 600 /home/hpclab-su/.mpd.conf
277 mpdallexit
278 mpdboot -n 1 -f /etc/mpd.hosts
279 whoami
280 sudo chmod 600 /home/hpclab-su/.mpd.conf
281 mpdboot -n 1
282 ls -a /home/hpclab-su/
283 ls -al /home/hpclab-su/
284 sudo chown hpclab-su:hpclab-su .mpd.conf
285 sudo chown hpclab-su:hpclab-su /home/hpclab-su/.mpd.conf
286 ls -al /home/hpclab-su/
287 mpdboot -n 1
288 mpiexec -l -n 4 hostname
289 time mpiexec -l -n 4 ./geogrid.exe
290 cp -v /home/hpclab-su/WRF/WPS/link_grib.csh .
291 ./link_grib.csh /home/hpclab-su/WRF/InputData/20040
292 df -h
293 time mpiexec -l -n 4 ./ungrib.exe
294 rm -f PFILE*
295 rm -f GRIBFILE.A*
296 ./link_grib.csh /home/hpclab-su/WRF/InputData/2004-01/200401
297 time mpiexec -l -n 4 ./ungrib.exe
298 rm -f PFILE*
299 rm -f GRIBFILE.A*
300 ./link_grib.csh /home/hpclab-su/WRF/InputData/2004-01/2004010
301 time mpiexec -l -n 4 ./ungrib.exe
302 time mpiexec -l -n 4 ./metgrid.exe
303 time mpiexec -l -n 4 ./real.exe
304 time mpiexec -l -n 8 ./wrf.exe

Tutorials

2014-10-14T21:33:06Z

Hpcwiki: /* Tutorials */

Tutorials

2014-08-11T15:39:17Z

Hpcwiki: /* Tutorials */

==Tutorials==
* [[Wavelet-based Multiresolution Analysis]]
* [[GIT short instructions]]
* [[Ansys Linux Setup]]
* [[Abaqus Linux Setup]]
* [[Project creation]]
* [[VBM based segmentation of brain tissues]]
* [[SPM Analysis of fMRI data]]
* [[GUI OpenGL Implementation, documents]]
* [[Install Moodle]]
* [[WRF Framework Installation]]
* [[FSL | FSL tutorial]]
* [[Freesrufer | Freesurfer tutorial ]]
* [[Install OpenKinect]]
* [[Install SMTP Mediawiki]]
* [[File:Manual_enrol_users.pdf]]

== External Documentation ==
* Wiki markup formatting: [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:Formatting]

===Related Documentation===
* Academic Information System Docs
* Resources & Lab. Inventory
* [[HPCLab System Tools Configuration]]
* [http://git-scm.com/book/en/Getting-Started GIT Official documentation]

File:Manual enrol users.pdf

2014-08-11T15:37:22Z

Hpcwiki:

Install SMTP Mediawiki

2014-05-29T16:51:14Z

Hpcwiki: Created page with "Email Support MediaWiki can be configured to send email messages for various functions. You will need to install some additional packages: sudo apt-get install php-pear sud..."

Email Support
MediaWiki can be configured to send email messages for various functions. You will need to install some additional packages:

sudo apt-get install php-pear
sudo pear install mail
sudo pear install Net_SMTP

Also, you'll need to configure the LocalSettings.php file to use your SMTP server to send out the messages, for example:

$wgEnableEmail = true;
$wgEnableUserEmail = true;
$wgEmergencyContact = "wikidude@mydomain.com";
$wgPasswordSender = "wikidude@mydomain.com";
$wgNoReplyAddress = "noreply@mydomain.com";
$wgPasswordSender = "password_reminder@mydomain.com";

$wgSMTP = array(
'host' => "ssl://smtp.gmail.com",
'IDhost' => "gmail.com",
'port' => 465,
'auth' => true,
'username' => "user_name@mydomain.com",
'password' => "user_password"
);

Tutorials

2014-05-29T16:49:36Z

Hpcwiki: /* Tutorials */

==Tutorials==
* [[Wavelet-based Multiresolution Analysis]]
* [[GIT short instructions]]
* [[Ansys Linux Setup]]
* [[Abaqus Linux Setup]]
* [[Project creation]]
* [[VBM based segmentation of brain tissues]]
* [[SPM Analysis of fMRI data]]
* [[GUI OpenGL Implementation, documents]]
* [[Install Moodle]]
* [[WRF Framework Installation]]
* [[FSL | FSL tutorial]]
* [[Freesrufer | Freesurfer tutorial ]]
* [[Install OpenKinect]]
* [[Install SMTP Mediawiki]]

== External Documentation ==
* Wiki markup formatting: [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:Formatting]

===Related Documentation===
* Academic Information System Docs
* Resources & Lab. Inventory
* [[HPCLab System Tools Configuration]]
* [http://git-scm.com/book/en/Getting-Started GIT Official documentation]

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-04-23T21:28:05Z

Hpcwiki: /* Prerrequisitos */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install gcc
yum install libstdc++
yum install gcc-c++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

== Importante ==

Antes de iniciar la instalación de los compiladores en RedHat se debe desabilitar SELinux.Para esto se realizan los siguientes pasos:

cd /etc/sysconfig/
vim selinux

se cambia la siguiente linea

SELINUX=enforcing
por
SELINUX=disabled

Después se debe reiniciar el sistema. Luego de esto se puede continuar con la instalación.

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-04-23T21:22:49Z

Hpcwiki: /* Prerrequisitos */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install gcc
yum install libstdc++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

== Importante ==

Antes de iniciar la instalación de los compiladores en RedHat se debe desabilitar SELinux.Para esto se realizan los siguientes pasos:

cd /etc/sysconfig/
vim selinux

se cambia la siguiente linea

SELINUX=enforcing
por
SELINUX=disabled

Después se debe reiniciar el sistema. Luego de esto se puede continuar con la instalación.

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-03-20T20:29:02Z

Hpcwiki: /* Importante */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install g++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

== Importante ==

Antes de iniciar la instalación de los compiladores en RedHat se debe desabilitar SELinux.Para esto se realizan los siguientes pasos:

cd /etc/sysconfig/
vim selinux

se cambia la siguiente linea

SELINUX=enforcing
por
SELINUX=disabled

Después se debe reiniciar el sistema. Luego de esto se puede continuar con la instalación.

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-03-20T20:28:50Z

Hpcwiki: /* Importante */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install g++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

== Importante ==

Antes de iniciar la instalación de los compiladores en RedHat se debe desabilitar SELinux.Para esto se realizan los siguientes pasos:

cd /etc/sysconfig/
vim selinux

se cambia la siguiente linea

SELINUX=enforcing
por
SELINUX=disabled

Despues se debe reiniciar el sistema. Luego de esto se puede continuar con la instalación.

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-03-20T20:28:36Z

Hpcwiki: /* Importante */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install g++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

== Importante ==

Antes de iniciar la instalación de los compiladores en RedHat se debe desabilitar SELinux.Para esto se realizan los siguientes pasos:

cd /etc/sysconfig/
vim selinux

se cambia la siguiente linea

SELINUX=enforcing
por
SELINUX=disabled

Luego se debe reiniciar el sistema. Luego de esto se puede continuar con la instalación.

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-03-20T20:26:10Z

Hpcwiki: /* Importante */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install g++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

== Importante ==

Antes de iniciar la instalación de los compiladores en RedHat se debe desabilitar SELinux.Para esto se realizan los siguientes pasos:

cd /etc/sysconfig/
vim selinux

se cambia la siguiente linea

SELINUX=enforcing
por
SELINUX=disabled

Luego de esto se puede continuar con la instalación.

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-03-20T20:23:37Z

Hpcwiki: /* Prerrequisitos */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install g++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

== Importante ==

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs

Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero

2014-03-20T20:09:15Z

Hpcwiki: /* Prerrequisitos */

== Prerrequisitos==
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4

* Instalar g++
yum install g++
* instalar m4
yum install m4
* Instalar libpng
yum install libpng12-dev
* Instalar csh
yum install tcsh
* Instalar perl
yum install perl
* Instalar libtool
yum install libtool-ltdl

==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).

1. su -
2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5. ls
6. more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

==Sección 1: Instalar compiladores==
===C++===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11 cd /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

===Fortran===
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando

15. cd
16. cd /opt
17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic

22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)

25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con

> 27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un

> 28. ifort -v
(Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

==Sección 2: Instalar Librerías==
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

===ZLib===
31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure
36. make
37. sudo make install

===Jasper===

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure
43. make
44. sudo make install

===Libpng===

45. cd
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

==Sección 3: Instalar Netcdf==
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:

cp * /opt
cd /opt
ls
tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
cd netcdf-4.0/
export FC=ifort
./configure
make
sudo make install

Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a
/usr/local/lib/libnetcdf.la

==Sección 4: Instalar MPICH==

Primero se debe descargar mpich2 del CMC.

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

==Sección 5: Instalar WRF==
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software

57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

===Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.===

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc

sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf

FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp
FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

''WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un''

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un

>ls run

===Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.===

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo.
Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables:

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

===Sección 5.3 instalación ARWpost_V3===

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib .
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap .
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo.
Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente.
open
117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs