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Difference between revisions of "Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero"

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* Instalar libtool
 
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  yum install libtool-ltdl
 
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== Importante ==
  
 
==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==
 
==Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado. ==

Revision as of 15:23, 20 March 2014

Contents

Prerrequisitos

Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera. 

rpm -qa "nombre del paquete"
rpm -qa m4
  • Instalar g++ 
yum install g++
  • instalar m4 
yum install m4
  • Instalar libpng 
yum install libpng12-dev
  • Instalar csh 
yum install tcsh
  • Instalar perl 
yum install perl
  • Instalar libtool 
yum install libtool-ltdl

Importante

Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado.

GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384). 

1. su -
2. cd  /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/
3. ls
4. chmod +x cnvgrib
5.  ls
6.  more grib2ctl.pl
7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl

Sección 1: Instalar compiladores

C++

Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando 

9.  cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES
10. cp -R * /opt
11  cd  /opt
12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz
13. cd l_ccompxe_2013.2.146/
14. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic

Fortran

Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando 


15. cd  
16. cd  /opt
17. tar -xvzf  l_fcompxe_2013.2.146.tgz
18. ls
19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz
20. ls
21. ./install.sh

Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic 

22. gedit /etc/sysconfig/selinux  Este paso es el que no entiendo
23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/

Es necesario modificar el /etc/bashrc 

24. sudo gedit /etc/bash.bashrc

Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador) 

 25.  export PATH=$PATH:/opt/intel/bin  
 26.  export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64

luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con 

>  27. source /etc/bash.bashrc

No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un 

> 28. ifort ­-v  
(Debe dar la versión instalada) en este caso  ifort version 13.1.0.

Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas 

export CC=icc
export FC=ifort
export CXX=icpc

Sección 2: Instalar Librerías

Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos: 

29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir 

30. cp -R * /opt

Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos

ZLib

31. cd /opt
32. ls
33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz
34. cd zlib-1.2.3
35. ./configure 
36. make
37. sudo make install

Jasper

38. cd
39. cd /opt
40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz
41. cd jasper-1.701.0/
42. ./configure 
43. make
44. sudo make install

Libpng

45. cd 
46. cd /opt
47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz
48. cd libpng-1.2.12
49. ./configure
50. make
51. sudo make install

Sección 3: Instalar Netcdf

Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos: 

52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/

Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código: 

 cp * /opt
 cd /opt
 ls 
 tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz
 cd netcdf-4.0/
 export FC=ifort
 ./configure
 make
 sudo make install

Para comprobar que todo va bien un 

53. ls /usr/local/include/netcdf*

produce: 

/usr/local/include/netcdfcpp.h
/usr/local/include/netcdf.inc
/usr/local/include/netcdf.h    
/usr/local/include/netcdf.mod
/usr/local/include/netcdf.hh

ademas comprobar estos otros archivos 

54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*

produce: 

/usr/local/lib/libnetcdf.a     
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.la
/usr/local/lib/libnetcdf_c++.a 
/usr/local/lib/libnetcdf.la

Sección 4: Instalar MPICH

Primero se debe descargar mpich2 del CMC. 

wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2

Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar: 

tar -xvjf mpich2.bzip2
cd mpich2-1.0.5p4
export FC=ifort
export F90=ifort
./configure
make
sudo make install

Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.

Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario

Sección 5: Instalar WRF

Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación 

55. cd /home/
56. mkdir WRF

luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software 

57.  cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/
58. cp -R * /home/WRF
59. cd
60. cd /home/WRF/
61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)

Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo 

66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz 
67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz
68. ls

Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST

Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.

69. cd /home/WRF
70. tar -xvzf   WRFV3.2.1.TAR.gz
71. tar -xvzf   WPSV3.2.1.TAR.gz

se debe editar el archivo bash.bashrc 

 sudo gedit /etc/bash.bashrc

Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas: 

export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0
export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0
ulimit -s unlimited

Se actualiza el archivo 

74. source /etc/bash.bashrc

Continuamos con la configuración: 

75.  cd WRFV3/ 
76. ./configure
77. cuando solicite confirmación escribimos "y"

Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* ) 

78. /usr/local/include
79. /usr/local/lib

Seleccionamos las opciones adecuadas

En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf 

FORMAT_FIXED    =       -FI -------> FORMAT_FIXED    =       -FI -cpp 
FORMAT_FREE     =       -FR ------->FORMAT_FREE     =       -FR -cpp 

81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real

WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un 

>vi log.log

Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un 

>ls run

Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.

82. cd /home/WRF/WPS
83. ls
84. ./clean
85. ./configure
86. /usr/local/include
87. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas: 

FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp
F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp
SCC = gcc ---->> SCC = icc

Guardar el archivo. Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre 

88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F .
89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt

Para verificar que todo va bien 

>ls *.exe

debería mostrarme los tres ejecutables: 

ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.

Sección 5.3 instalación ARWpost_V3

90. cd /home/WRF/
91. tar -xvzf   ARWpost_V3.tar.gz
92. ls
93. cd ARWpost/
94. ls
95. ./configure 
96. /usr/local/include
97. /usr/local/lib

Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. 

98. ./compile
99. ls *.exe (debe aparecer el  ARWpost.exe )

Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS 

100. cd /home/WRF/
101. mkdir GFS
102. cd GFS
103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* .
104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib . 
105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap . 
106. chmod a+x cnvgrib
107. chmod a+x grib2ctl.pl
108. chmod a+x gribmap
109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba
110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl
111. ./gribmap -i prueba.ctl -0  (primeros archivos de diagnóstico)
112. ./grib2ctl.pl -verf  prueba.grib > pruebaxx.ctl
113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl  (archivos para pronóstico)

Si hay inconvenientes intentar crear un enlace: 

115. rm gribmap
116. ln -s /usr/bin/gribmap

Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo. Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente. open 

117. grads
118. open prueba.ctl
119. q file variable
120. q dims dimensiones
121. draw title TEMPERATURA

Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs) 

123.  gedit script1.gs
124. grads -pbxc script1.gs
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