Difference between revisions of "Version 3 for RedHat by Douglas J. Baquero"
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Revision as of 15:29, 20 March 2014
Contents |
Prerrequisitos
Primero se debe verificar la existencia de los paquetes necesarios en la instalación de RedHat que se tenga, de la siguiente manera.
rpm -qa "nombre del paquete" rpm -qa m4
- Instalar g++
yum install g++
- instalar m4
yum install m4
- Instalar libpng
yum install libpng12-dev
- Instalar csh
yum install tcsh
- Instalar perl
yum install perl
- Instalar libtool
yum install libtool-ltdl
Importante
Antes de iniciar la instalación de los compiladores en RedHat se debe desabilitar SELinux.Para esto se realizan los siguientes pasos:
cd /etc/sysconfig/ vim selinux
se cambia la siguiente linea
SELINUX=enforcing por SELINUX=disabled
Después se debe reiniciar el sistema. Luego de esto se puede continuar con la instalación.
Sección 0: Convertir datos del GFS al formato deseado.
GFS (Global Forcast System) es un modelo de pronóstico producido por el NCEP (National Center of Enviroment Prediction). Los archivos que se descargan tienen el formato gfs.tccz.pgrb2fxxx, donde cc es el tiempo de ejecución del ciclo del modelo (00,06,12,18), xxx es la hora prevista del producto (00-384).
1. su - 2. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/ 0.GFS/ 3. ls 4. chmod +x cnvgrib 5. ls 6. more grib2ctl.pl 7. ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl 8. sudo ./grib2ctl.pl gfs.t00z.pgrb2f00.grib >example.ctl
Sección 1: Instalar compiladores
C++
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando
9. cd /home/diana /Escritorio/WRF_Instaladores/1.COMPILADORES 10. cp -R * /opt 11 cd /opt 12. tar -xvzf l_ccompxe_2013.2.146.tgz 13. cd l_ccompxe_2013.2.146/ 14. ./install.sh
Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_icc.lic
Fortran
Para iniciar la instalación se deben ejecutar las siguientes lineas de comando
15. cd 16. cd /opt 17. tar -xvzf l_fcompxe_2013.2.146.tgz 18. ls 19. cd l_fcompxe_2013.2.146.tgz 20. ls 21. ./install.sh
Seleccionar las opciones apropiadas en cada caso, si se tiene el archivo de la licencia dar la ruta del archivo por ejemplo /opt/licencia_ifort.lic
22. gedit /etc/sysconfig/selinux Este paso es el que no entiendo 23. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/9.Otros/
Es necesario modificar el /etc/bashrc
24. sudo gedit /etc/bash.bashrc
Se editan las ultimas lineas de este archivo: (reemplazar /opt/intel/bin por la direccion donde se instalo el compilador)
25. export PATH=$PATH:/opt/intel/bin 26. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/lib:/usr/local/lib:/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/com piler/lib/intel64
luego de editarlo lo guardamos y lo actualizamos con
> 27. source /etc/bash.bashrc
No debe aparecer ningun error y finalmente podemos comprobar que todo ha quedado bien instalado con un
> 28. ifort -v (Debe dar la versión instalada) en este caso ifort version 13.1.0.
Luego de la instalación de los compiladores se debe correr la siguientes lineas
export CC=icc export FC=ifort export CXX=icpc
Sección 2: Instalar Librerías
Para iniciar la instalación de las libreras nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
29. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/2.ZLIB/
Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir
30. cp -R * /opt
Ahora comenzamos la descompresión e instalación de cada uno de ellos
ZLib
31. cd /opt 32. ls 33. tar -xvzf zlib-1.2.3.tar.gz 34. cd zlib-1.2.3 35. ./configure 36. make 37. sudo make install
Jasper
38. cd 39. cd /opt 40. tar -xvzf jasper-1.701.0.tar.gz 41. cd jasper-1.701.0/ 42. ./configure 43. make 44. sudo make install
Libpng
45. cd 46. cd /opt 47. tar -xvzf libpng-1.2.12.tar.gz 48. cd libpng-1.2.12 49. ./configure 50. make 51. sudo make install
Sección 3: Instalar Netcdf
Para iniciar la instalación de Netcdf nos ubicamos en la carpeta que contenga los archivos comprimidos:
52. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/3.NETCDF/
Lugo los copiamos donde los deseamos descomprimir, y ejecutamos las siguientes lineas de código:
cp * /opt cd /opt ls tar -xvzf netcdf-4.0.tar.gz cd netcdf-4.0/ export FC=ifort ./configure make sudo make install
Para comprobar que todo va bien un
53. ls /usr/local/include/netcdf*
produce:
/usr/local/include/netcdfcpp.h /usr/local/include/netcdf.inc /usr/local/include/netcdf.h /usr/local/include/netcdf.mod /usr/local/include/netcdf.hh
ademas comprobar estos otros archivos
54. ls /usr/local/lib/libnetcdf*
produce:
/usr/local/lib/libnetcdf.a /usr/local/lib/libnetcdf_c++.la /usr/local/lib/libnetcdf_c++.a /usr/local/lib/libnetcdf.la
Sección 4: Instalar MPICH
Primero se debe descargar mpich2 del CMC.
wget -c http://usuario:contrasena@www.cmc.org.ve/descargas/Utils/mpich2.bzip2
Luego se debe descomprimir en /opt(en la ubicación deseada), configurar e instalar:
tar -xvjf mpich2.bzip2 cd mpich2-1.0.5p4 export FC=ifort export F90=ifort ./configure make sudo make install
Luego de la instalación crear un archivo mpd.conf en la carpeta donde se descomprimío el mpich.
Adicional se debe crear el archivo .mpd.conf en carpeta home del usuario
Sección 5: Instalar WRF
Para empezar creamos una carpeta llamada WRF en el lugar donde se desea realizar la instalación
55. cd /home/ 56. mkdir WRF
luego copiamos en esa carpeta todo el contenido de la carpeta 5.WRF_Software
57. cd /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/ 58. cp -R * /home/WRF 59. cd 60. cd /home/WRF/ 61. ls (para ver que copio todo los archivos necesarios)
Luego de verificar que se copiaron los archivos necesarios descomprimimos unos archivo para hacer un ejemplo
66. tar -xvzf geog_10m.tar.gz 67. tar -xvzf geog_v3.4.tar.gz 68. ls
Ya tenemos datos de uso del suelo para trabajar mas adelante, ahora si continuemos con la instalación del WRF. El orden de instalación es 1. WRFV3...tar.gz , 2. WPSV3...tar.gz y finalmente 3. ARWPOST
Sección 5.1 instalación WRFV3.2.1.
69. cd /home/WRF 70. tar -xvzf WRFV3.2.1.TAR.gz 71. tar -xvzf WPSV3.2.1.TAR.gz
se debe editar el archivo bash.bashrc
sudo gedit /etc/bash.bashrc
Al final de este archivo se deben copiar las siguientes lineas:
export JASPERLIB=/opt/jasper-1.701.0 export JASPERINC=/opt/jasper-1.701.0 ulimit -s unlimited
Se actualiza el archivo
74. source /etc/bash.bashrc
Continuamos con la configuración:
75. cd WRFV3/ 76. ./configure 77. cuando solicite confirmación escribimos "y"
Luego damos las rutas: (si no se conocen las rutas se pueden saber con este comando ls /usr/local/lib/libnetcdf* )
78. /usr/local/include 79. /usr/local/lib
Seleccionamos las opciones adecuadas
En nuestro caso se debio modificar estas lineas en configure.wrf
FORMAT_FIXED = -FI -------> FORMAT_FIXED = -FI -cpp FORMAT_FREE = -FR ------->FORMAT_FREE = -FR -cpp
81. ./compile em_real 2>&1 | tee log.log ó ./compile em_real
WRF es legendario por tener una compilación bastante larga. Vayan a hacer algo por lo menos por los próximos 40 minutos. Si desean ver cómo va la compilación, hagan un
>vi log.log
Probando el WRF. Si todo ha salido bien, una prueba preliminar es hacer un
>ls run
Sección 5.2 instalación WPS 3.2.1.
82. cd /home/WRF/WPS 83. ls 84. ./clean 85. ./configure 86. /usr/local/include 87. /usr/local/lib
Seleccionar las opciones adecuadas y continuar. Luego abrir el archivo configure.wps, y cambie las siguientes líneas:
FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback SCC = gcc ---->> SCC = icc
Em mi caso se debió colocal al final de las dos primeras lineas -cpp FFLAGS = -FR -convert big_endian ---->> FFLAGS = -FR -convert big_endian -g -traceback -cpp F77FLAGS = -FI -convert big_endian ---->> F77FLAGS = -FI -convert big_endian -g -traceback -cpp SCC = gcc ---->> SCC = icc
Guardar el archivo. Luego dentro de la carpeta del WPS en la subcarpeta metgrid/src reemplazar el archivo process_domain_module.F . que esta alli por el que esta en la carpeta 5.WRF_Software con el mismo nombre
88. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/5.WRF_Software/process_domain_module.F . 89. ./compile 2>&1 | tee compile.txt
Para verificar que todo va bien
>ls *.exe
debería mostrarme los tres ejecutables:
ungrib.exe, metgrib.exe y geogrib.exe.
Sección 5.3 instalación ARWpost_V3
90. cd /home/WRF/ 91. tar -xvzf ARWpost_V3.tar.gz 92. ls 93. cd ARWpost/ 94. ls 95. ./configure 96. /usr/local/include 97. /usr/local/lib
Seleccionar las opciones adecuadas y continuar.
98. ./compile 99. ls *.exe (debe aparecer el ARWpost.exe )
Ahora en la carpeta WRF creamos la carperta GFS y alli copiamos todo lo que esta en 0.GFS
100. cd /home/WRF/ 101. mkdir GFS 102. cd GFS 103. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/*.* . 104. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/cnvgrib . 105. cp /home/diana/Escritorio/WRF_Instaladores/0.GFS/gribmap . 106. chmod a+x cnvgrib 107. chmod a+x grib2ctl.pl 108. chmod a+x gribmap 109. ./cnvgrib -g21 gfs.t00z.pgrb2f00 prueba 110. ./grib2ctl.pl prueba >prueba.ctl 111. ./gribmap -i prueba.ctl -0 (primeros archivos de diagnóstico) 112. ./grib2ctl.pl -verf prueba.grib > pruebaxx.ctl 113. ./gribmap -i pruebaxx.ctl (archivos para pronóstico)
Si hay inconvenientes intentar crear un enlace:
115. rm gribmap 116. ln -s /usr/bin/gribmap
Se repite los pasos anteriores, debe aparecer el archivo prueba.idx al final de todo. Lo siguiente es trabajar con el archivo en Grads que debe ser instalado previamente. open
117. grads 118. open prueba.ctl 119. q file variable 120. q dims dimensiones 121. draw title TEMPERATURA
Se vieron los principales comando en grads, con los cuales al final se hizo un scrip y se compilo (ver archivo script1.gs)
123. gedit script1.gs 124. grads -pbxc script1.gs
